麻醉：通過給予麻醉劑，抑制局部或中樞神經系統的直覺與動作反射。一般分為兩種：吸入性麻醉和注射性麻醉。
吸入性麻醉
使用吸入性麻醉劑對小鼠進行誘導或者麻醉。一般需要通過氣體麻醉蒸發儀配合小鼠麻醉操作。
常用的吸入性麻醉劑有：
Isoflurane
Sevoflurane
Halothane
注射性麻醉
可根據實驗或手術類型及需要麻醉時間選擇適當的麻醉劑：
氯胺酮+塞拉嗪（Ketamine+xylazine）混合麻醉劑
麻醉時間30min左右，安全范圍大，小鼠麻醉非常平穩，而且有一定的鎮痛作用。
戊巴比妥鈉（Pentobarbital）
麻醉時間一般40-60min，但安全范圍窄，一旦過量動物容易發生死亡。并且戊巴比妥鈉沒有鎮痛作用只有鎮靜作用，因此手術前配合鎮痛劑一起使用效果會更好。
三溴乙醇（Tribromoethanol）
非藥物級別的腸麻藥，麻醉時間約30min，不同品系的小鼠耐受性不同，不能反復注射，否則容易引發動物的腸道炎癥。
舒泰（Zoletil）
麻醉時間約30min，部分品系小鼠不適合使用，如裸鼠使用效果一般。
丙泊酚（Propofol）
用于小鼠靜脈注射使用。麻醉時間較短，不常使用。
除全身麻醉以外，在手術的局部麻醉或者緩解局部疼痛和瘙癢時可以使用局部麻醉藥，如利多卡因。比如：小鼠發生皮膚異常瘙癢時，可以局部涂抹的凝膠緩解瘙癢的癥狀。
溫馨提示：
麻醉前，一定要給小鼠稱重，并按照參考劑量給予麻醉劑。
如果進行手術操作，那么建議在術前進行鎮痛，對小鼠術后的恢復以及減少疼痛感非常有益。
若術后部分小鼠有疼痛癥狀可以根據情況選擇合適的給藥途徑給予鎮痛藥。
小鼠的鎮痛劑主要有：布托啡諾，美洛昔康，卡洛芬，布洛芬，嗎啡，丁丙諾啡等。
當然，小鼠的麻醉和鎮痛都需要咨詢獸醫。根據手術的類型選擇合適的麻醉劑鎮痛劑。
申請流程
麻醉藥品及鎮痛藥品均必須合理使用，嚴格記錄，嚴格按照國家法律法規來進行申請、使用及管理。通常申請麻醉藥品的流程是這樣的，以上海南方模式生物為例：
麻醉藥品和鎮痛藥品存放要設立專庫或專柜，專庫和專柜要設有防盜設施，實行專人負責、專庫（柜）加鎖。對進出專庫（柜）的麻醉藥品、鎮痛藥品建立專用帳冊，進出逐筆記錄，詳細填寫《麻醉及鎮痛藥品收支記錄表》。
剩余麻醉品須歸還麻醉藥品管理負責人員。對回收的空安瓿、廢貼和過期、失效、破損、退回的藥品須妥善保管，集中銷毀，同時需要登記《管制麻醉藥品銷毀記錄》。
麻醉后的注意事項
1.小鼠麻醉后一定要進行麻醉深度的確認。若麻醉深度不夠則必須延后實驗，應當待達到麻醉深度后再進行實驗或手術；或者咨詢獸醫是否可以增加劑量使其達到麻醉深度。
麻醉由淺入深一般可以分為4個階段：
誘導期
仍有主動動作，呼吸與心率增加，運動時步態不穩、后半身搖晃，后肢無力。
淺外科期
停止運動后呈側臥狀，置于仰臥后不能翻正。對非疼痛刺激物肢體動作反應，捏夾皮膚或刺激腳趾仍有收縮反射，呼吸規則以胸式呼吸為主，出現中等程度的肌肉松弛，眼瞼和角膜反射存在。
深外科期
呼吸頻率下降，呼吸規則以腹式呼吸為主，肌肉完全松弛，眼瞼反射消失、角膜反射微弱，對嚴重刺激都不引起有害反射。
脫離深外科期
四肢持續震顫、抽搐，全身肌肉開始收縮，由平坦仰臥狀轉為側臥蜷縮狀。
簡單的確認麻醉深度的方式是：
皮膚捏夾反應：用有齒鑷捏夾小鼠皮膚。
刺激腳趾反應：刺激小鼠腳趾或腳掌部位。
觀察小鼠是否有反應，若反應靈敏則說明麻醉過淺。有手術條件的可以增加手術監測儀器用于監測血流、心率、血壓、體溫、呼吸頻率、血氧飽和度、微血管充盈時間等指標。
2.在動物手術過程中，如果臟器長時間暴露，應適當滴加溫性的生理鹽水，防止粘膜發干；眼部周圍可以涂抹潤滑的眼膏，減少由于眼部干燥引發的術后不適。
3.麻醉后小鼠體溫調節機能被抑制，出現體溫下降。此時，常需要采取保溫措施，比如：恒溫加熱毯、暖照燈等。
如果進行過手術，那么術后除了需要保溫，還要注意每過10-15min建議給小鼠翻身，防止血液沉積或肺葉的塌陷。另外應注意觀察小鼠的重要的指標如心率、毛細管充盈程度及呼吸頻率等。
術后應提供無菌的籠具和舒適，安靜的飼養環境，若術部的牽拉會阻礙小鼠術后初期的飲水，應當在小鼠的籠內底部放置無菌的果凍及輻照后的飼料供其采食。術后必須有觀察人員對術后的小鼠進行觀察，如術部開線，感染及發生疼痛異常等癥狀應按照獸醫的指導進行操作。