當X-射線透過樣本時，樣本的各個部位對X-射線的吸收率不同。
小動物microct檢測通常采用錐形X線束（ConeBeam）。采用錐形束不僅能夠獲得真正各向同性的容積圖像，提高空間分辨率，提高射線利用率，而且在采集相同3D圖像時速度遠遠快于扇形束CT。
小動物microct檢測成像的原理是當X-射線透過樣本時，樣本的各個部位對X-射線的吸收率不同。X-射線源發射X-射線，穿透樣本，最終在X-射線檢測器上成像。對樣本進行360°以上的不同角度成像。與臨床CT普遍采用的扇形X線束不同的是，Micro-CT通常采用錐形X線束。