1.光源
尼康顯微鏡采用可見光作為光源，電子顯微鏡采用電子束作為光源。
2.分辨率
尼康顯微鏡因為光的干涉與衍射作用，分辨率只能局限于0.2-0.5um之間。電子顯微鏡因為采用電子束作為光源，其分辨率可達到1-3nm之間，因此尼康顯微鏡的組織觀察屬于微米級分析，電子顯微鏡的組織觀測屬于納米級分析。
3.景深
一般尼康顯微鏡的景深在2-3um之間，因此對樣品的表面光滑程度具有極高的要求，所以制樣過程相對比較復雜。掃描電鏡的景深則可高達幾個毫米，因此對樣品表面的光滑程度幾何沒有任何要求，樣品制備比較簡單，有些樣品幾乎無需制樣。體式顯微鏡雖然也具有比較大的景深，但其分辨率卻非常的低。
4.成像
尼康顯微鏡利用幾何光學成像原理進行成像，電子顯微鏡利用高能量電子束轟擊樣品表面，激發出樣品表面的各種物理信號，再利用不同的信號探測器接受物理信號轉換成圖像信息。
5.應用
尼康顯微鏡主要用于光滑表面的微米級組織觀察與測量，因為采用可見光作為光源因此不僅能觀察樣品表層組織而且在表層以下的一定范圍內的組織同樣也可被觀察到，并且尼康顯微鏡對于色彩的識別非常敏感和準確。
電子顯微鏡主要用于納米級的樣品表面形貌觀測，因為掃描電鏡是依靠物理信號的強度來區分組織信息的，因此掃描電鏡的圖像都是黑白的，對于彩色圖像的識別掃描電鏡顯得無能為力。掃描電鏡不僅可以觀察樣品表面的組織形貌，通過不同的附件設備，掃描電鏡還可進一步擴展使用功能。
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