蛋白質檢查是尿液化學成分檢驗中最重要的項目之一。當尿蛋白超過150mg/24h或超過100mg/L時，蛋白定性試驗呈陽性，稱為蛋白尿。蛋白尿持續超過0.15g/d，常為病理性，是腎臟疾病的可靠指標。
根據發生機理及原發病的部位，蛋白尿分為五種。下面對此進行詳細介紹。
1.腎小球性蛋白尿
腎小球性蛋白尿是指因腎小球的損傷而引起的蛋白尿。多因腎小球受到感染、毒素、免疫、代謝等因素的損害后，引起腎小球毛細血管壁破裂，濾過膜孔徑加大，通透性增強或電荷屏障作用受損，使血液中相對分子質量較小的血漿蛋白（以清蛋白為主）濾出原尿中，若損害較重時，球蛋白及其他少量大相對分子質量蛋白濾出也增多，超過了腎小管重吸收能力而形成蛋白尿。根據濾過膜損傷程度及尿蛋白的組分，尿蛋白分為2類：
（1）選擇性蛋白尿：主要成分是相對分子質量為4萬～9萬的中相對分子質量的清蛋白。可伴相對分子質量近似的蛋白如抗凝血酶、轉鐵蛋白、糖蛋白等和少量小相對分子質量β2-M、Fc片段等。相對分子質量>9萬的蛋白則極少出現（IgG、IgA、IgM、C3等）。免疫球蛋白/清蛋白清除率小于0.1，尿蛋白定性3＋～4＋，尿免疫球蛋白/清蛋白的比值3.5g/24h時，稱為腎病性蛋白尿，常見于腎病綜合征。
（2）非選擇性蛋白尿：反映腎小球毛細管壁有嚴重斷裂和損傷。尿蛋白以相對分子質量較大和中等的蛋白質同時存在為主，如IgM、IgG和補體C3、清蛋白、糖蛋白（T-H糖蛋白）、分泌型IgA（SIgA）和下尿路分泌的少量黏液蛋白等。免疫球蛋白/清蛋白比值>0.5，半定量為+～++++，定量在0.5～3.0g/24h之間，多見于原發性腎小球疾病，如急進性腎炎、慢性腎炎、膜性或膜增生性腎炎等，及繼發性腎小球疾病，如糖尿病腎炎、紅斑狼瘡性腎炎等。非選擇性蛋白尿是一種持續性蛋白尿，有發展為腎衰的危險。出現非選擇性蛋白尿提示預后較差。
2.腎小管性蛋白尿
是由于腎小管對濾出蛋白的回吸收障礙所致。它指腎小管在受到感染、中毒損傷或繼發于腎小球疾病時，因重吸收能力降低或抑制，而出現的以相對分子質量較小的蛋白為主的蛋白尿。見于腎小管間質病變、腎盂腎炎、先天性腎小管病、低鉀腎病等。此類蛋白尿的特點為尿蛋白總量通常較少，一般<1g/d；且僅含少量白蛋白，并以低分子量的溶菌酶、β2-微球蛋白、輕鏈蛋白、維生素A結合蛋白等為主。
3.混合性蛋白尿
指腎臟疾病時，腎小球和腎小管同時或相繼受損而產生的蛋白尿，其組分與血漿蛋白相似。兼具兩種蛋白尿特點，但各組分所占比例因病變損害部位不同而不一致，也可因腎小球或腎小管受損害程度的不同而有所差異。尿蛋白電泳檢查有助于臨床對蛋白尿組成的分析、判斷及診斷。
4.溢出性蛋白尿
指血液循環中，出現了大量以中、小相對分子質量為主的異常蛋白質，如游離血紅蛋白、肌紅蛋白、溶菌酶等增多，經腎小球濾出后，原尿中的含量超過了腎小管重吸收最大能力，而大量出現在尿液中形成的蛋白尿。尿蛋白質定性，多為+～++，定量約1.0～2.0g/24h。可見于：①漿細胞病；②急性血管內溶血；③急性肌肉損傷；④其他：如急性白血病時血溶菌酶增高、嚴重胰腺炎時血淀粉酶增高形成的蛋白尿。
5.組織性蛋白尿
凡腎組織細胞代謝產生的蛋白質、組織破壞分解的蛋白質，以及腎臟組織炎癥，或受藥物等刺激泌尿道組織分泌的蛋白質等，進入尿液中形成的蛋白尿，均稱為組織性蛋白尿。定性±～+，定量0.5～1.0g/24h。其組成成分多以T-H蛋白為主。