由于尿道炎癥狀多不影響正常生活，感覺尿道炎是小毛病，這樣時間一久，就變成慢性尿道炎了。這時就會出現許多并發癥。
如男性可并發睪丸炎、附睪炎、前列腺炎、精囊腺炎、附睪結節、輸卵管梗阻，精子數量質量都降低，陽痿、早泄、男性不育等；
女性可并發陰道炎、宮頸炎、附件炎、子宮內膜炎、盆腔炎，嚴重的尿道炎甚至會導致女性不孕癥或流產、死胎、宮外孕、新生兒低體重、膿滴眼、呼吸道感染等。
