尿道炎癥首先應與淋病性尿道炎區別，淋病性尿道炎是一種特異性感染的性病，尿道有膿性分泌物，膿液涂片染色檢查可見在分葉核粒細胞內有革蘭氏陰性雙球菌。其次，應與非淋菌性尿道炎及滴蟲性尿道炎區別，女性容易在陰道內找到滴蟲，而在男性不易找到滴蟲，常需在包皮下、尿道口分泌物、前列腺液以及尿液中檢查有無滴蟲，作出診斷。Reiter癥候群除尿道炎外，同時有結膜炎和關節炎。
尿道急性炎癥時，尿道外口紅腫，邊緣外翻，粘膜表面常被漿液性或膿性分泌物所粘合，有時有淺潰瘍。鏡下可見粘膜水腫，其中有白細胞、漿細胞和淋巴細胞浸潤，毛細血管擴張，尿道旁腺體充血或被成堆膿細胞所填塞。
慢性尿道炎病變主要在后尿道、膀胱頸和膀胱三角區，有時蔓延整個尿道。尿道粘膜表面粗糙呈暗紅色顆粒狀，因有疤痕收縮，尿道外口較正常小。鏡下可見淋巴細胞、漿細胞和少數白細胞，纖維組織母細胞增加。