自身抗原是指能誘導機體發生免疫應答的自身成分，可分為隱蔽的自身抗原、修飾的自身抗原，這些自身抗原正常情況下不會對自身產生免疫反應。
1、隱蔽的自身抗原：在正常情況下，體內某些組織與免疫系統隔絕，不能激發免疫應答，如晶狀體蛋白、腦組織、精子等。手術、損傷、感染等可使此類抗原釋入血流或者淋巴道，與免疫系統接觸可能會誘導相應自身免疫應答，引發自身免疫性疾病。如人體輸精管結扎可能形成損傷而出現抗自身精子的抗體，眼球損傷后晶狀體蛋白釋放而引起交感性眼炎等；
2、修飾的自身抗原：受病原微生物、輻射、藥物等因素影響，自身組織結構發生改變，產生新的抗原決定簇，形成修飾的自身抗原，刺激機體產生免疫應答。如心肌缺血時壞死的心肌可導致抗心肌自身抗體形成，心肌細胞損傷而引起心肌炎等。