凡新生兒、嬰幼兒患間質性肺炎，或患肝炎伴單核細胞增多，出現變異淋巴細胞，尤其伴有先天畸形的新生兒，應考慮本病。成人接受輸血、器官移植，或免疫抑制治療后出現單核細胞增多，出現變異淋巴細胞，發熱、皮疹、肝脾腫大者，亦應考慮本病。本病患者嗜異性凝集試驗呈陰性，可與EB 病毒所致的傳染性單核細胞增多癥相鑒別。鑒別診斷時尚應注意與病毒性肝炎以及其他病因所致的肝大、黃疸等相區別。對于先天性畸形，或死胎、流產、早產等所謂“TORCH綜合征”的患者，則應與導致此類疾患的其他病因即弓形蟲病、風疹病毒感染、單純皰疹病毒感染，及其他可能的病原體感染(如梅毒螺旋體等)一一鑒別。外周血抗-CMV IGM 陽性表明新近存在CMV 感染，對于嬰幼兒患者可診斷本病。由于孕婦外周血IgM 型抗體不能通過胎盤屏障，所以若新生兒臍血抗-CMV IgM檢測陽性則可診斷CMV 宮內感染(采集臍血標本時應注意避免母血污染)。嬰幼兒外周血僅單一抗-CMV IgG 檢測陽性者，應連續隨訪6～12 個月，觀察其滴度是否有顯著意義的升高。由于成人人群中CMV 抗體檢出率很高，故檢測CMV 抗體用于成人患者診斷本病的意義有限。用PCR 技術檢測患者標本中的巨細胞病毒基因有助于確診本病；可早在出生后頭3 周，就能從新生兒的尿液或唾液標本中檢測出CMV 的存在，為CMV 的宮內感染提供依據。