由于病毒性肺炎在臨床表現上具有一定的相似性，因而病原學檢查尤為重要。CMV的病原學檢查可通過以下幾方面進行：①檢測CMV包涵體細胞和病毒顆粒：如從患者血、尿、和支氣管灌洗液中分離，但存在較高的假陽性，71%～91%的高危移植患者從BAL中雖分離到CMV，但無活動性肺炎證據。也可以將患者各種分泌物標本體外接種于人胚或成纖維細胞中培養后進行分離檢測，但一般需要2周至2月時間方能確診；②免疫學方法：可通過熒光或酶標抗體對患者和供體分泌物中的CMV抗原進行測定，有利于早期診斷和移植前供體的篩選。也可通過補體結合實驗對血清中的抗體進行動態檢測，急性期和恢復期雙份血清抗體效價呈4倍以上者為陽性；③分子生物學方法：如PCR技術和核酸雜交，前者主要用于對BAL的檢測和動態監測病情，后者常用于對肺組織病理切片的檢測，并可以對各種不同亞型的病毒進行區分。