法國的啤酒業在歐洲是很有名的，但啤酒常常會變酸，整桶的芳香可口啤酒，變成了酸得讓人咧嘴的粘液，只得倒掉，這使酒商叫苦不迭，有的甚至因此而破產。1865年，里爾一家釀酒廠廠主請求巴斯德幫助治治啤酒的病，看看能否加進一種化學藥品來阻止啤酒變酸。
巴斯德答應研究這個問題，他在顯微鏡下觀察，發現未變質的陳年葡萄酒和啤酒，其液體中有一種圓球狀的酵母細胞，當葡萄酒和啤酒變酸后，酒液里有一根根細棍似的乳酸桿菌，就是它們在營養豐富的啤酒里繁殖，使啤酒“生病”。他把封閉的酒瓶放在鐵絲籃子里，泡在水里加熱到不同的溫度，試圖既殺死乳酸桿菌，而又不把啤酒煮壞，經過反復多次的試驗，他終于找到了一個簡便有效的方法：只要把酒放在五六十攝氏度的環境里，保持半小時，就可殺死酒里的乳酸桿菌，這就是著名的“巴氏消毒法”，這個方法至今仍在使用，市場上出售的消毒牛奶就是用這種辦法消毒的。
當時，啤酒廠廠主不相信巴斯德的這種辦法，巴斯德不急不惱，他對一些樣品加熱，另一些不加熱，告訴廠主耐心地待上幾個月，結果經過加熱的樣品打開后酒味純正，而沒有加熱的已經酸了。