本科細菌對外界有害因子抵抗力強，分布廣，存在于土壤、水、空氣以及動物腸道等處，與人類關系密切。如炭疽芽孢桿菌引起人、畜的炭疽病；破傷風梭菌引起破傷風；肉毒梭菌、產氣莢膜梭菌和蠟狀芽孢桿菌引起食物中毒；韋氏梭菌和產氣莢膜梭菌引起氣性壞疽。對人有利的芽孢菌有枯草芽孢桿菌，產生工業或醫療用的蛋白酶、淀粉酶；丙酮丁醇梭菌用于生產丙酮丁醇；多粘芽孢桿菌生產多粘菌素;地衣芽孢桿菌生產桿菌肽;著名的細菌殺蟲劑——蘇云金芽孢桿菌能殺死 100多種鱗翅目的農林害蟲，現已擴大到殺蚊、蠅幼蟲；日本甲蟲芽孢桿菌、幼蟲芽孢桿菌和緩病芽孢桿菌可用于防治蠐螬等地下害蟲。芽孢桿菌分解有機物能力強，在自然界的元素循環中起重要作用。有些種（如多粘芽孢桿菌和巴氏梭菌）有固定分子態氮的能力。