巴氏豆丁海馬是雄性懷孕,而不是雌性。全年都有繁殖現象。雌性將卵產在雄性身體上的育兒囊中。雄巴氏豆丁海馬使卵受精后抱卵直到孵化為止,妊娠期約為兩個星期。雄巴氏豆丁海馬曾一胎產下34只幼仔。幼仔的外觀就像是縮小版的成體巴氏豆丁海馬,它們從孵化后便獨立成長,不會獲得父母的進一步的照顧。