色譜柱由柱管、壓帽、卡套（密封環）、篩板（濾片）、接頭、螺絲等組成，是裝填有固定相用以分離混合組分的柱管，多為金屬或玻璃制作，有直管形、盤管形、U形管等形狀。色譜柱可分為填充柱和開管柱兩大類，液相色譜通常均采用填充柱，色譜柱的分離效果取決于所選擇的固定相，以及色譜柱的制備和操作條件。
誤區1 空氣會徹底毀滅一根HPLC色譜柱
當色譜柱不與色譜儀連接的時候，用戶需確保色譜柱被緊緊地密封。事實上，實際的應用中是，即使柱的端部進入了少量的空氣也不要緊。因為當你將色譜柱連接到色譜儀上使用時，在系統初始加壓階段，在很短的時間內空氣就會被溶劑沖刷掉。所以，不要因為色譜柱進入了空氣而認定色譜柱已被損壞。
誤區2 所有的C18（L1）色譜柱都是一樣的
美國藥典委員會（USP）開發了一種分類系統，用來對每種類型的鍵合相柱進行分類。由于C18色譜柱是一種廣泛應用的色譜柱，故該系統將其稱為“L1”。可惜不幸的是，大約有800種以上的L1流入了市場，因此，事實證明這個系統是不可靠的，是一個令人困惑的系統。
因為每種商品化的C18色譜柱，雖然同樣是選用硅膠作為基體，但各自都有自己特定的填料鍵合合成工藝，因此色譜性能也不相同。
譬如，有的生產廠商采用十八烷基一氯硅烷鍵合試劑和低表面積的硅膠（見圖一所示），而其它一些廠家采用同一硅烷試劑但選用了表面積更高的硅膠基體。
這兩種C18柱表現的色譜性能不同，后者C18固定相的鍵合比例大于前者。較低的固定相鍵合比率，表面未反應的硅醇基較多，有時混合保留機理起主要作用。
某些色譜柱生產商使用二氯硅烷和三氯硅烷作鍵合試劑，將鍵合相聚合反應形成一很厚的具有不同擴散特性的疏水層。為使鍵合后硅膠表面未反應的硅醇基比例降低，有些生產商用小分子的硅烷試劑（如三甲基氯硅烷）封尾。
硅醇基是在中性條件下測定堿性物質時導致色譜峰拖尾的原因之一，有些生產廠家，更進一步的做法是采用第二種小分子硅烷進行雙封尾工藝，以提供一個更加惰性（疏水性）的硅膠表面。
另外有些生產商采用聚合物基體材料進行C18 鍵合，生產出一種完全不同的C18填料，但仍然被歸類到“L1”。還有廠家采用反應性能不同的硅烷化試劑organoalkoxysilanes，制造出一種與氯硅烷反應產生的不同的C18 固定相。
誤區3 反相色譜柱不可以使用純水相
這個誤解其實是起源于有些用戶在使用低有機溶劑含量或者純水作為反相色譜柱的流動相時，發生了俗稱相塌陷的現象，所以大家就認為反相色譜柱不可以使用純水相。
許多色譜工作者都被相塌陷現象和保留時間位移現象困擾著，甚至已經失去了努力尋找解決途徑的耐心。因此，他們索性就認為不應該在反相色譜柱中運行水含量很高的流動相。
然而，事實上市售的反相色譜柱（如極性嵌入和極性封端柱）都是具有水浸潤性的，其表面特性是允許使用純水的，而不會導致塌陷或者保留時間移位。
比如科思美析COSMOSIL的C18-PAQ系列則可以使用100%水作為流動相，適合分離親水型化合物，并相較于傳統的十八烷基鍵合硅膠色譜柱，具有很強的抗酸性。
誤區4 至少需要10個柱體積才能重新使LC色譜柱達到平衡
平衡時間對于梯度色譜來說是非常重要的，因為它是整個技術的限制因素。這有兩種平衡類型：重復平衡和完全平衡。重復平衡也就意味著在無法實現完全平衡的情況下達到的平衡。
實際上，如果在隨后的運行中，保留時間的重復性是小于0.002 min的，然后對于非離子化溶質的無緩沖洗脫劑和堿性化合物以常用的三氟乙酸和甲酸為添加劑的話，重復平衡在兩個柱體積的范圍內即可實現。
誤區5 相較之純的多孔粒子，表面多孔顆粒會顯著降低樣品容量
HPLC色譜柱填料對樣品的容量是與其表面積成正比的，這與硅醇基通過單體鍵合形成的化學鍵合相的量相關。然而，研究結果表明：在相同的試驗條件下，表面多孔顆粒與多孔粒子對樣品的容量是基本上相同的。