單分子測序技術,也被稱為納米測序技術,是通過納米孔只允許一條鏈進入的方式,根據堿基的熒光或者電流阻斷來識別堿基序列的一種新型測序技術。這種技術包括PacBio技術和Nanopore技術兩種主要方法。
PacBio技術主要是利用熒光標記不同的堿基與待測序列、DNA聚合酶一起放入納米孔底部。當DNA模板進入孔道時,DNA聚合酶與模板結合,加入四種不同顏色熒光標記的dNTP,通過熒光信號時間的不同,識別堿基序列。
Nanopore技術的核心是每個納米孔結合一個核酸外切酶。當DNA模板進入孔道時,核酸外切酶切掉穿過納米孔道的DNA堿基,因此每一個堿基通過納米孔時都會產生一個阻斷,根據阻斷電流的變化識別堿基。
單分子測序技術具有以下特點:
長讀長:由于納米孔只允許一條DNA模板進入,因此可以檢測到完整的核酸序列,從而避免了傳統測序技術中由于PCR擴增引起的偏差和限制。
實時測序:測序文庫制備過程簡單,無需對樣品中核酸進行PCR擴增或逆轉錄,可以直接對DNA或RNA進行測序。同時,測序過程中可以實時輸出結果,能夠實現對測序數據的實時分析。
設備簡單便攜:目前使用最成熟的MinION測序儀可以在各種復雜環境下完成實時測序,保證了對突發疫情處理的時效性。
可直接對RNA進行測序:納米孔測序可以直接對各類形式的RNA進行測序,避免了目前對RNA病毒進行測序和研究時必須將RNA逆轉錄為DNA擴增所產生的偏向性及可能引入的突變。
單分子測序技術在臨床應用方面具有廣泛的前景。它可以用于基因組測序、甲基化研究、突變鑒定(SNP檢測)、病原微生物的測序鑒定等方面。特別是在癌癥檢測方面,單分子測序技術可以闡明等位基因突變狀態和復雜癌癥基因組的完整結構,為癌癥分子分型提供新標準,指導臨床個體化治療。另外,對于檢測大型基因組變異方面,單分子測序技術也具有明顯的優勢。它能夠闡明使用傳統的二代測序難以鑒定的異常基因組狀態。此外,三代測序技術在癌細胞的全長轉錄組檢測及癌癥表觀基因組學等領域也有相應應用。
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