常染色質區域的基因可以被轉錄為信使RNA。常染色質區域非折疊的結構允許基因調控蛋白和RNA聚合酶與其上的DNA序列結合，從而開啟轉錄過程。在轉錄過程中，并非所有的常染色質都會被轉錄，但基本上非轉錄的部分會折疊為異染色質以保護暫時其上不用的基因。因此細胞的活性與細胞核中的常染色質數目有直接關系。
常染色質與異染色質之間的轉換被認為是一種調控基因表達和復制的機制。這是基于“可訪問性假設”，基因的轉錄與表達在緊密壓縮的染色質中更難完成，需要另外的機制，因而聚集較為松散的常染色質區域上的基因更容易進行復制和轉錄過程，這樣的結構對于一些處于高表達量的基因尤為重要。一類經常處于活動的結構常染色質是編碼一些細胞生存必需的蛋白的基因（又稱管家基因，housekeeping genes）。