根據培養基的物理性質，可分為液體培養基、固體培養基和半固體培養基。
液體培養基：用各種營養成分加水配成，或用天然物質的浸汁(麥芽汁、豆芽汁等)制成。中海培養基組分均一，適宜各類微生物的營養生長。廣泛應用于實驗研究及大規模工業生產中，有利于廣泛獲得大量菌體或代謝產物。液體培養基是用于不需要挑選單克隆的大規模養菌
固體培養基：在液體培養基中加入凝固劑，或用麩皮等固體原料配制。常用的凝固劑是瓊脂(又稱瓊膠、洋菜)，由石花菜等海藻中提取加工制成。市售瓊脂為條狀、片狀或粉末狀，主要成分為多聚半乳糖的硫酸酯，絕大多數微生物不能將其分解，在培養基中僅起支撐作用。其熔點約98℃，凝固點42℃，1.5～2％的水溶液在一般培養溫度下呈凝膠狀態。瓊脂固體培養基廣泛應用于微生物的分離培養、菌種鑒定和保藏。固體培養基能形成單菌落,用于單克隆菌株篩選,比如轉化,劃線等
半固體培養基：液體培養基中加入0.2～0.5％瓊脂制成。用于觀察細菌的運動、菌種鑒定及測定噬菌體的效價等。似乎很少人會使用半固體半液體培養基這個名詞頂層瓊脂的瓊脂含量通常只有固體培養基的一半是用來做病毒噬菌斑用的。
共同點：人工配置，固體、半固體培養基以液體培養基為基礎，（對象）用于觀察微生物等