(一) 出現肩峰
1.樣品體積過大：用流動相配樣,總的樣品體積小于第一峰的15%
2.樣品溶劑過強：采用較弱的樣品溶劑
3.柱塌陷或形成短路通道：更換色譜柱,采用較弱腐蝕性條件
4.柱內燒結不銹鋼失效：更換燒結不銹鋼,加在線過濾器,過濾樣品
5.進樣器損壞：更換進樣器轉子
(二)鬼峰
1.進樣閥殘余峰：每次用后用強溶劑清洗閥,改進閥和樣品的清洗
2.樣品中未知物：處理樣品
3.柱未平衡：重新平衡柱,用流動相作樣品溶劑 (尤其是離子對色譜)
4.三氟乙酸(TFA)氧化(肽譜) ：每天新配,用抗氧化劑
5.水污染(反相) ：通過變化平衡時間檢查水質量，用HPLC級的水
(三) 基線噪聲
1.氣泡(尖銳峰) 流動相脫氣：加柱后背壓
2.污染(隨機噪聲) ：清洗柱,凈化樣品,用HPLC級試劑
3.檢測器燈連續噪聲：更換氘燈
4.電干擾(偶然噪聲) ：采用穩壓電源,檢查干擾的來源(如水浴等)
5.檢測器中有氣泡：流動相脫氣,加柱后背壓
(四)峰拖尾
1.柱超載：降低樣品量,增加柱直徑采用較高容量的固定相
2.峰干擾：清潔樣品,調整流動相
3.硅羥基作用：
加三乙胺,用堿致鈍化柱增加緩沖液或鹽的濃度降低流動相PH值,鈍化樣品
4.死體積或柱外體積過大：
連接點降至最低,對所有連接點作合適調整,盡可能采用細內徑的連接管
5.柱效下降：
用較低腐蝕條件,更換柱,采用保護柱
(五)峰展寬
1.進樣體積過大：用流動相配樣,總的樣品體積小于第一峰的15%
2.在進樣閥中造成峰擴展L進樣前后排出氣泡以降低擴散
3.數據系統采樣速率太慢:設定速率應是每峰大于10點
4.檢測器時間常數過大:設定時間常數為感興趣第一峰半寬的10%
5.流動相粘度過高:增加柱溫,采用低粘度流動相
6.檢測池體積過大:用小體積池,卸下熱交換器
7.保留時間過長:等度洗脫時增加溶劑含量也可用梯度洗脫
8.柱外體積過大:將連接管徑和連接管長度降至最小
9.樣品過載:進小濃度小體積樣品