1 . 取材
取材的好壞，直接影響切片的質量。醫生在取材時，首先要有一把鋒利的取材刀，在切割組織時要避免取材刀來回拖拉，切取的組織塊厚薄要均勻，一般厚度以0.2
～0.3cm為適，較容易發脆的組織如甲狀腺、肝臟、血塊、淋巴結、大塊癌組織等可適當厚一點，而脂肪組織、肺組織、纖維性腫瘤、平滑肌瘤等致密的或試劑不易滲入的組織應取薄一些；淋巴結應修掉兩側球冠，并盡量剔除周圍的脂肪組織。在取材中還應十分注意組織內是否有縫線或骨組織，如碰到不可避免的鈣化組織，應與技術室講明，在切取纖維組織、肌肉組織、胃腸道時，應注意纖維及肌肉的走向，取材時盡可能按與纖維平行走向切取為佳。
2 . 固定
固定是技術室工作的第一步，也是在整個制片過程中無法補救的一步。所謂“固定”，就是組織離體后，用各種辦法使其細胞內的物質盡量接近其生活狀態時的形態結構和位置的過程。固定的目的是為了防止組織細胞自溶與腐敗，防止了細胞內的酶對蛋白質的分解作用，使細胞內的各和成分如蛋白質、脂肪、碳水化合物或酶類轉變為不溶性物質，以保持原有的結構與生活時相仿。另外，組織固定后，均呈一定的硬化狀態，增加組織韌性，而且不易變形，有利于以后的組織處理。所以組織一旦離體必需及時固定，固定液的量應為組織的5倍。固定的關鍵主要與固定的及時性、固定液的選擇、固定液的濃度、固定的溫度和時間有關。最常用的固定液為10％福爾馬林。筆者認為，10％福爾馬林由于受到福爾馬林的質量、使用時的揮發和取材時帶入的水分影響，濃度被降低致組織固定不足，而高濃度的福爾馬林，降低了對組織的穿透性，形成周圍固定好而中央固定不到的現象。通過實踐，本人認為以酸性12～15％的福爾馬林最佳。大標本（2cm厚）一般需要6～12個小時，小標本一般需要3～6個小時；當室溫低18℃時，可在37℃以下的溫箱內加溫4～6個小時。由于HE染色最佳著色PH為3.5～4.5,
中性福爾馬林對蘇木素染色有一定影響,細胞核容易發灰,核染色質不佳。
所以,
盡管中性福爾馬林對抗原有很好的保存作用，但酸性福爾馬林對絕大多數抗原來說也有很好的保存作用，所以在沒有特別處理的情況下常規HE用12～15％酸性福爾馬林也可以（每100毫升12～15％福爾馬林液內加5毫升冰醋酸）。骨髓、結締組織固定以Bouin液為佳，經Bouin液固定后的組織必須流水沖洗4小時以上。有條件的單位可根據不同要求選用二種或二種以上的固定液；少數單位還可建立組織冷凍庫，以便適應各種特殊的處理要求。
3. 水洗
固定后水洗（10～20分鐘），通常被很多人所忽視，而水洗不徹底，容易造成脫片和染色不鮮艷。對需做免疫組織化學的組織，更不應當忽視。福爾馬林不利于組織塊內抗原的保存
4 . 脫水和透明
所謂脫水就是利用脫水劑將組織內的水分置換出來，以利于有機溶劑的滲入，這一過程稱為脫水。脫水是否徹底，直接關系到組織是否能充分透明，而脫水過度（原因是組織在純酒精內時間過久，發生組織質地發生變化）容易造成組織發脆。造成組織發脆的原因還有加溫（溫度超過35℃）、脫水劑內加有丙酮、浸蠟用的石蠟中二甲苯過多等等。一般我們總認為組織發脆跟高濃度酒精有關，而忽視了與低濃度的酒精關系，其實低濃度的酒精具有強大的穿透力，比純酒精更容易滲透到組織塊內部使之脫水，組織如果在低濃度酒精里充分脫水，在高濃度酒精里只需脫去從低濃度到高濃度之間的水份，因此，僅需短時間就可完成，如果這時不縮短純酒精的時間，便會引起組織發脆；如果脫水時加溫，使用丙酮，還可引起組織收縮，并影響免疫組織化學的標記。為了使石蠟浸入到組織塊內，必須經過一種既能與脫水劑混合，又能與石蠟相溶的媒介物質，這個過程稱透明。目前最好的透明劑是二甲苯。很多人認為二甲苯極容易使組織發脆，這個觀點很片面，在常溫下，如果不是時間過長（超過24小時以上）二甲苯并不會引起組織過份發脆，相反會使某些組織結構比較質韌的組織：比如子宮肌瘤等相當好切），但是當二甲苯溫度超過35℃以后，極易引起組織發脆。所以本人認為，大小標本最好分開脫水，一般情況下，大標本脫水時間（室溫18℃）以80％酒精2小時、95％酒精（2道）各1個半小時至2小時、純酒精（3道）各1個半小時至2小時，二甲苯（2道）各30-60分鐘為宜；小標本脫水時間應相應縮短。脫水時間長短，與室溫高低有密切的相關。我們在實踐中發現，室溫在12～15℃時，可作為一個臨界溫度范圍。當室溫高于此溫度范圍時，組織容易脫水，可適當縮短脫水時間；而室溫低于該溫度范圍時，應適當延長脫水時間（如能保證在一個恒定的溫度下最佳）。更換試劑，應以量為基礎，定量更換，不能等到切片不好時再去更換。否則，至少會有2～3批組織切片不好。根據我科經驗，如試劑用量為500ml，每500個蠟塊更換一次為宜。
5. 浸蠟
組織透明后，在熔化的石蠟內浸漬的過程稱為浸蠟。用其他浸透劑（如火棉膠、明膠等）滲入組織內部的過程可稱為浸透或透入。浸蠟溫度過高（超過60℃），在蠟內加入二甲苯蠟或由于透明時帶進的二甲苯過多，都會導致組織發硬，還會使組織內的抗原受到破壞；所以作者主張浸蠟用的石蠟熔點在56℃（三道），第一道：石蠟30分鐘；第二道：石蠟90分鐘；第三道：石蠟，90分鐘。浸蠟溫度控制在56～58℃左右。（第一道也可用硬脂酸石蠟1：3混合浸蠟，不僅可軟化組織，特別適用于比較韌、硬的組織，而且由于硬脂酸是弱酸性的，對細胞核有媒染作用，核漿比鮮明，但容易脫片；同時對疏松組織容易散片）。有條件的可以每天打開第一道石蠟的蓋子，讓二甲苯揮發。浸蠟所用的石蠟如有雜質盡可能過濾，以防附在組織上，造成切片刀刀口受損，或切片破碎和劃痕增多。