常規雜交反應由于受到探針解鏈溫度、溶液中靶序列的初始濃度及探針長度的影響。樣品中不同探針所對應的靶序列的拷貝數不盡相同，探針的解鏈溫度也難以保持一致，這樣不同位點的雜交速度并不完全與各自靶序列的拷貝數成正比，檢測結果也就不具有良好的平行性。所以必需選擇最理想的條件以盡可能使正確配對的序列不被遺漏，并使雜交錯配降到最低。DNA雙鏈進行雜交配對時，A:T間形成2個氫鍵而G:C間形成3個氫鍵，所以同樣長度的探針由于G+C含量的差異而具有不同的解鏈溫度，這樣雜交的動力學就會有差別。以TMAC作為溶劑可以平衡AT與GC的雜交結合能，因而可在一個雜交條件下獲得比較理想的雜交效果[1,2]。例如，Honore等人將PCR擴增得到的探針與尼龍膜固定后在3M的TMAC溶液中與標記的高度簡并的寡聚核苷酸進行雜交反應。在這種條件下，Tm將與G+C含量無關而只決定于探針的長度。而且發現，摻入脫氧次黃苷(deoxyinosine, I)的寡核苷酸探針在比Tm值低10℃的條件下可以進行良好的雜交[3]。Oh等用15nt長的探針以SSOP(sequence-specific oligonucleotide probe，序列特異的寡核苷酸探針)方法同一溫度下在TMAC溶液中對HLA-A進行雜交分型，一次性可以檢測到30個通過等電聚焦技術鑒定的類型[4]。雜交后的DNA芯片在嚴謹條件下洗滌以去除未雜交的殘留核酸樣品。但這種常規雜交方式在速度、靈敏度和特異性等方面都阻礙了整個芯片的雜交效果。因為，探針必需具有相似的解鏈溫度，這樣才能保證雜交條件的一致性。雜交反應與溶液中靶序列的初始濃度成正比，所以必需提高靶DNA的濃度以加快反應速度。
[參考文獻]
1. Bains W. Selection of oligonucleotide probes and experimental conditions for mμltiplex hybridization experiments. Genet Anal Tech Appl, 1994;11(3):49-62.
2. Honore B, Madsen P. The tetramethylammonium chloride (TMAC) method for screening cDNA libraries with highly degenerate oligonucleotide probes obtained by reverse translation of amino acid sequences. Methods Mol Biol, 1997;69:139-46.
3. Honore B, Madsen P, Leffers H. The tetramethylammonium chloride method for screening of cDNA libraries using highly degenerate oligonucleotides obtained by backtranslation of amino-acid sequences. J Biochem Biophys Methods,1993; 27(1):39-48.
4. Oh SH, Fleischhauer K, Yang SY. Isoelectric focusing subtypes of HLA-A can be defined by oligonucleotide typing. Tissue Antigens 1993 Mar;41(3):135-42.