主要表現為高位消化道梗阻癥狀，如嘔吐、上腹部可見胃蠕動波和觸到肥大的幽門腫塊。
1.嘔吐為本病的首發癥狀。一般先天性肥厚性幽門狹窄病兒出生后多無癥狀，吸奶及大小便均正常。多于生后2～3周出現嘔吐，少數病例生后即吐，也偶有遲至7～8周才吐，早產兒多發病晚。開始為食后溢乳，偶有嘔吐，逐漸次數增多，終至每次奶后必吐。嘔吐多在奶后數分鐘即出現，由一般性嘔吐變為噴射性，劇烈時可噴至數尺以外，常由口腔及鼻孔噴出。未成熟兒幽門狹窄時嘔吐多不典型，為一般性嘔吐，無噴射性。嘔吐物為乳汁及胃液或乳凝塊，不含膽汁，嘔吐嚴重時可呈咖啡色(占3%～5%)。以后由于胃逐漸擴張和弛緩，乳汁在胃內較長時間潴留，嘔吐次數較前似減少，有時奶后1～2次不吐，但下次奶后吐出量常較進入量多，將2次量一并吐出，含有較多的乳凝塊，并帶酸味。雖然嘔吐頻繁，但吐后仍有很強的食欲，表現有饑餓感，如再喂奶，能照常吸吮。嘔吐較重者，糞便減少，數天排便1次，大便干燥、堅硬。尿量也減少。
2.胃蠕動波腹部檢查可見上腹部膨隆，下腹部平坦柔軟。約95%的患兒于上腹部可見胃蠕動波，起自左肋下，向右上腹移動，然后消失，有時可看到兩個波相繼出現，尤其是在喂奶后易看到。有時用手輕拍腹壁也可引起胃蠕動波的出現。胃蠕動波是先天性肥厚性幽門狹窄常見的，但不是特有的體征，一般在喂奶時或飽食后易看到。早產兒在正常情況下也可見到，不能作為診斷依據。
3.腹部腫物在右上腹部觸到橄欖樣腫塊是幽門狹窄的特有體征，如能觸到并結合典型嘔吐的病史，就可以確定診斷。但這種腫塊并不經常是容易觸到的，腫塊的檢出率與檢查者的經驗，特別是耐心程度有關。檢查最好是在病兒熟睡或在母親懷抱喂奶時，此時小兒用力吸吮，腹壁松弛。醫師站在病兒右側，在右上腹肋下腹直肌外緣處，用中指指端輕輕向深部按摩，可觸到橄欖形質地較堅硬的幽門腫塊。有時因腫塊位置較深，被肝臟覆蓋，不易摸到，此時將左手放在病兒背后稍將其托起，右手中指將肝緣向上推移后再向深部觸摸，只要耐心仔細地反復檢查，幾乎全部病例均能摸到腫塊。早產兒因腹部肌肉發育差，腹壁薄，較易觸到。
4.脫水和營養不良由于嘔吐進行性加重，入量不足，常有脫水。初期體重不增，以后迅速下降，日見消瘦。如發病2～3周而未經治療的病兒，其體重可較初生體重低20%左右，呈營養不良貌。皮下脂肪減少，皮膚松弛、干燥，有皺紋，彈性消失，前囟及眼窩凹陷，頰部脂肪消失，呈老年人面容。
5.堿中毒由于長期嘔吐，丟失大量胃酸和鉀離子，可致低氯、低鉀性堿中毒，臨床表現為呼吸淺慢。因血中游離鈣離子降低，可引起低鈣痙攣，表現為手足搐搦、喉痙攣、強直性抽搐等。但如患兒脫水嚴重，腎功能低下，酸性代謝產物潴留體內，部分堿性物質被中和，故有明顯堿中毒者并不多見。少數晚期病例甚至以代謝性酸中毒為主，表現為精神萎靡、拒食、面色灰白。
6.黃疸2%～3%患兒出現黃疸，主要為間接膽紅素增高，手術后黃疸逐漸消失。黃疸原因與熱量不足、脫水、酸中毒影響肝細胞的葡萄糖醛酰轉移酶活力，以及大便排出延遲增加腸肝循環有關；有時出現直接膽紅素增高，與肥厚的幽門壓迫膽總管產生機械性梗阻；自主神經平衡失調，引起膽總管的痙攣；脫水致膽汁濃縮及淤積等有關。