幽門螺旋桿菌感染的檢查方法很多，主要包括細菌的直接檢查、尿毒酶活性測定、免疫學檢測及聚合酶鏈反應等方法。
(1)細菌的直接檢查：是指通過胃鏡檢查鉗取胃粘膜(多為胃竇粘膜)作直接涂片、染色，組織切片染色及細菌培養來檢測HP。其中胃粘膜細菌培養是診斷HP最可靠的方法，可作為驗證其他診斷性試驗的“金標準”，同時又能進行藥敏試驗，指導臨床選用藥物。
(2)尿毒酶檢查：因為HP是人胃內唯一能夠產生大量尿毒酶的細菌，故可通過檢測尿毒酶來診斷HP感染。尿毒酶分解胃內尿毒生成氨和二氧化碳，使尿素濃度降低、氨濃度升高。基于此原理已發展了多種檢測方法：①胃活檢組織尿毒酶試驗；②呼吸試驗；③胃液尿素或尿素氮測定；④15N-尿素試驗。
(3)免疫學檢測：目前已有多種免疫學檢測方法，通過測定血清中的HP抗體來檢測HP感染，包括補體結合試驗、凝集試驗、被動血凝測定、免疫印跡技術和酶聯合吸附測定(ELISA)等。