任何DNA序列,只要知道它在基因組中的位置,都能被用作STS標簽。作為基因組中的單拷貝序列,是新一代的遺傳標記系統,其數目多,覆蓋密度較大,達到平均每1kb一個STS或更密集。
這種序列在染色體上只出現一次,其位置和堿基順序都是已知的。在PCR反應中可以檢測出STS來,STS適宜于作為人類基因組的一種地標,據此可以判定DNA的方向和特定序列的相對位置。