異構化是可逆反應，反應常常可進行到接近平衡轉化率。由于反應熱效應很小，溫度對平衡組成影響不甚顯著，但低溫操作有利于減少副反應。
液相異構化反應溫度一般為 90～150°C；氣相異構化反應溫度則為300~500°C；
氣相非臨氫異構化可在低壓（約0.3MPa）下進行，氣相臨氫異構化則需較高壓力(2.0～2.5Mpa)下進行。氫烴摩爾比為5～20:1,過量氫氣可循環使用。
氣相異構化可采用固定床反應器，液相均相異構化可用塔式反應器，非均相異構化則可用涓流床反應器。
