異維A酸紅霉素凝膠的副作用可能包括局部的刺痛、灼熱感、紅斑和脫皮。這些癥狀通常會隨著繼續用藥而自動消失。如果在使用過程中出現嚴重的刺激作用，應暫時停止使用藥物，待刺激反應減輕后再繼續使用。如果刺激反應持續出現，則應停止治療。
此外，使用該凝膠還可能出現皮膚干燥和脫皮現象，這是因為異維A酸成分調節上皮細胞生長和分化，抑制角質形成細胞增生，上肢角質栓塞，抑制皮脂腺分泌及皮脂生成。
