目前引物合成基本采用固相亞磷酰胺三酯法。DNA合成儀有很多種,無論采用什么機器合成，合成的原理都相同，主要差別在于合成產率的高低，試劑消耗量的不同和單個循環用時的多少。
(1) 去保護：加入Deblocking脫去堿基上5'- OH的保護基團DMT，獲得游離的5'- OH；
(2) 耦合：同時加入活化劑和新的堿基，新的堿基5'-OH仍然被DMT保護，3'端被活化與溶液中游離的5'-OH發生耦合反應；
(3) 封閉：耦合反應中極少數5'- OH沒有參加反應，用封閉試劑終止其后繼續發生反應；
(4) 氧化：加入氧化劑使其由核苷亞磷酸酯形成更穩定的核苷磷酸酯。