由主要組織相容性復合體（MHC）編碼的人類白細胞抗原（HLA），是不同個體間進行器官或組織移植時發生排斥反應的主要成分，這種代表個體特異性的同種抗原又稱組織相容性抗原或移植抗原。
此外，與移植排斥反應相關的抗原還有：
①其他血細胞抗原，如紅細胞血型抗原ABO和白細胞的特有抗原等;
②組織特異性抗原：特異地表達于構成某一組織器官的細胞表面抗原;
③次要組織相容性抗原，男性特有的Y染色體編碼的某些蛋白質。
一、主要組織相容性抗原
在同種異體移植時，HLA引起移植排斥反應最強烈。 在三類HLA分子中，主要由Ⅰ、Ⅱ類分子觸發移植排斥反應，HLA－DR反應最強。HLA－C與移植排斥反應無明顯關系。 移植中，來自供體的強表達HLA的APC和其他免疫細胞，即作為同種異體抗原介導宿主抗移植物反應(HVGR);也作為過客細胞的重要膜分子參與移植物抗宿主反應(GVHR)。
在移植過程中，受體的免疫細胞對移植物表面HLA的識別存在著直接和間接兩種方式。
直接識別： 受體T細胞對移植物表面完整的同種異型HLA分子的識別，無須對其加工、處理和提呈。活化以CD8+CTL為主的T細胞，參與強烈的急性排斥反應。
間接識別： 受體T細胞對APC所加工、處理的移植物HLA抗原肽的識別。識別則以CD4+Th為主，在慢性排斥反應中發揮重要作用。
二、其他組織相容性抗原
1.次要組織相容性抗原mHA在某些組織或器官移植時發揮重要作用，特別是骨髓移植。此外，在不同性別的個體間進行移植時，由Y染色體上的座位所編碼的蛋白，可能是觸發輕度移植排斥反應的mHA，這種與性別相關的mHA又稱H-Y抗原，為男性所特有，可被HLA-B7分子結合。
2.ABO血型抗原系統幾乎所有人體組織器官的血管內皮細胞表面均含有ABO血型抗原。在進行器官移植時，應盡量保證供、受體間ABO血型的一致。
3.組織特異性抗原是一類特異性地表達于各種器官、組織、細胞上的抗原系統。不同的組織器官可有不同的組織特異性抗原。如血管內皮細胞(VEC)特異性抗原、腎特異性抗原、肝臟特異性抗原、胰腺特異性抗原、心臟特異性抗原和皮膚特異性抗原等。