本病之潰瘍皆為多發,最多見累及空腸,其次為回腸,偶有發生于十二指腸或結腸者。潰瘍一般較深,達到肌層,故易引起穿孔或漿膜面瘢痕攣縮。顯微鏡下可見小腸絨毛萎縮,潰瘍底部及周圍可見淋巴細胞、漿細胞、組織細胞和中性粒細胞浸潤。潰瘍邊緣有時可見胃黏膜化生。潰瘍與潰瘍之間的腸黏膜正常或呈炎癥改變。