1.細菌性痢疾
典型菌痢有高熱，腹痛腹瀉，膿血便，腹痛位于下腹或左下腹，左下腹明顯壓痛，且有腸索，伴明顯里急后重，糞檢有較多膿細胞，吞噬細胞，重者常脫水，這都有利于和本病區別。
2.其他細菌所致腹瀉
如鼠傷寒，致病性大腸桿菌，耶氏菌，親水氣單胞菌，其他厭氧菌等，單從臨床有時很難鑒別，懷疑時應依靠病原學和血清學來確診。
3.腸道外感染者
須與沙門菌病及布氏菌病鑒別。
