形態發生運動（morphogenetic movement）是在早期發育中，胚胎細胞的各種協調運動的總稱。通過這些運動，胚層建立了一定的空間關系，并為以后器官發生奠定基礎。形態發生運動包括原腸形成和器官原基形成。
在動物胚胎發育的囊胚期，甚至原腸早期，形成各種器官的物質都還沒有到達它們在成體中的部位。通過復雜運動移位，原來位于表面的細胞進入內部，形成有3個胚層的胚胎，外胚層留在外部，內胚層和中胚層移入內部，這一過程稱為原腸形成。在以后的發育中，3個胚層的細胞都將繼續發生一系列變化，以形成各種器官的原基，稱器官原基的形成。