2．2 還原樣品中巰基的影響
圖2、圖3分別為肝細胞樣品和牛奶樣品加還原劑后加與不加巰基保護劑的電泳結果比較．與圖2(a)、圖2(b)比較，圖2(c)斑點數量明顯減少，還出現一些假斑點．與圖3(a)比較，圖3(b)點2和3消失，也出現4和5兩個假斑點．斑點減少是因為加還原劑打開二硫鍵后形成的巰基若未及時保護，會很快重新形成二硫鍵，出現假斑點是因為二硫鍵打開后部分巰基交叉形成新的二硫鍵．因此，若使用還原劑處理樣品，應及時加入巰基保護劑，以避免斑點減少并出現假斑點．以往樣品經還原處理后，不再加試劑保護形成的巰基，一般認為這種做法對蛋白的電泳分離效果并無影響，但經本次試驗可明顯看出樣品還原處理后保護形成的巰基是十分必要的，否則很有可能導致錯誤的分析結果．
2．3 第二向SDS—PAGE中分離膠厚度的影響
袁泉等人曾使用固定pH梯度(IPG)凝膠雙向電泳系統觀察同一個樣品在不同大小的第二向凝膠系統(大型和中型凝膠)的雙向電泳圖，認為分離效果有較大差異
．筆者采用的小膠是300 V下電泳45 min，大膠是120 V、16～24 mA下電泳165
min，染色與脫色時間大膠均長于小膠，小膠電泳電壓遠高于大膠因而電泳時間明顯縮短，小膠比大膠薄因而染色和脫色時間少于大膠，并且分離效果優于大膠，蛋白斑點更清晰，電泳效果見圖4．雖然膠變大有利于蛋白的分離，但膠的厚度變大，橫向擴散效應比薄膠明顯，與膠的長度相比，膠的厚度成為影響分離效果的主導因素，因而厚膠分離效果不如薄膠．
2．4
載體為瓊脂糖時對分子量10萬以上蛋白的分離雞卵黃免疫球蛋白IgY是大分子量蛋白，分子量約為15×105 Da，等電點為5．4—5．5．由于其分
子量較大，以聚丙烯酰胺為等電聚焦電泳載體無法將其區分．而改用瓊脂糖凝膠作為等電點電泳的分離載體，使傳統上用聚丙烯酰胺為等電聚焦電泳載體無法分離的大分子蛋白(M，>100
kDa，如雞卵黃免疫球蛋白(IgV))的點在雙向電泳圖上得到了確認，說明以瓊脂糖為載體可以分離100
kDa以上的蛋白質，這是因為瓊脂糖凝膠孔徑比聚丙烯酰胺大．電泳效果見圖5．
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