影響毛細管電泳儀遷移速度的因素有電荷、分子大小、載體孔徑、載體粘性、電場強度、緩沖液離子強度和溫度等。
一、電荷：
分子的凈電荷越大，遷移速度越大。
二、分子大小：
分子越大，遷移速度越小。
三、載體孔徑：
小孔徑載體有分子篩作用，能依分子大小和帶電不同等分離分子，即具有篩分分子的作用。
四、載體粘性：
阻礙泳動并起吸附作用。
五、電場強度：
電壓越高，分子的遷移速度越大。
六、緩沖液離子強度：
緩沖液離子強度越高，分子的遷移速度越小，電泳區帶窄而清晰。離子強度越低，遷移速度越大，電泳區帶寬而邊緣模糊。
七、溫度：
溫度升高，分子的遷移速加快。