影響離子交換鍵合相色譜儀溶質保留值的因素有流動相的pH值、離子強度和有機改性劑等。
一、流動相的pH值：
1、弱酸和弱堿的保留值與洗脫液的pH值有關。
解離并參加離子交換而被分離。
不解離，不參加離子交換，以分子形式幾乎無保留地通過色譜柱。
流動相的pH值選擇應適中，最好選擇在被分離的酸或堿的pka或pkb附近，使其解離適中，達到最佳分離。
采用不同pH值的緩沖液進行梯度洗脫，可提高分離度。例如陰離子交換，pH值降低，酸性弱的組分先洗脫出，酸性強的組分后洗脫出。
2、陰離子交換劑分離有機酸的保留規律：
在用強陰離子交換鍵合相分離酸性藥物時，pH值增大，藥物解離度增大，k值增大，保留時間增加。
pH值越小，酸的解離被抑制，保留越小。
pH值越大，酸的解離程度越大，保留越強。
3、陽離子交換劑分離有機堿的保留規律：
在用強陽離子交換鍵合相分離堿性藥物時，pH值增大，游離堿增加，k值減小，保留時間縮短。
pH值高，堿以分子形式存在，保留值很小。
pH值低，堿以質子化形式存在，保留值較大。
二、流動相的離子強度：
流動相的離子強度（緩沖鹽濃度）增加，k減小。原因是離子交換平衡的移動。
三、有機改性劑：
如果洗脫液中加入極性有機組分（如乙醇），則抑制離子交換，產生按分配機理進行的分離。