1、質粒大小和轉染量：在一般情況下，隨插入片段長度的增加轉染效率降低；而轉染效率在一定的范圍內與質粒轉染量呈正相關。
2、DNA質量：高質量的DNA對于轉染的效率至關重要。如果質粒不純會顯著影響轉染復合物的形成，進而影響轉染效率。因此，可以選擇提取純度較高的試劑盒對DNA進行提取和純化，以得到更高質量的DNA，從而提高轉染效率。
3、轉染試劑的選擇：轉染試劑將外源核酸片段導入細胞，影響內源基因表達水平。在轉染實驗前應根據實驗要求和細胞特性選擇適合的轉染試劑，例如在綿羊成纖維細胞轉染過程中FuGene HD的轉染效率更高，GenEscortTM I對小鼠膠質細胞則具有更好的轉染效果。總之，可以遵循高效、低毒等原則進行選擇。
4、質粒與轉染試劑比例：在一定范圍內，轉染效率與質粒/轉染試劑比值成正相關，但毒性也會增加。可以根據轉染試劑推薦比例確定合適的合適的轉染比例。
5、細胞狀態：維持細胞生長及健康旺盛是提高轉染效率的重要條件。建議選擇對數生長期的細胞為佳，此時期的細胞生長旺盛，可能得到更高的轉染效率，切勿選擇傳代次數過多，基因型可能發生改變的細胞。
6、細胞密度：細胞密度過高或過低都會影響轉染效果，過高則難以轉染，過低則容易導致細胞死亡，因此需要選擇合適的細胞融合密度進行轉染，一般來說細胞密度在60%-80%時轉染較為理想，但具體密度可參考轉染試劑的說明書進行操作。
7、血清：血清中含有大量的蛋白質，可能會降低轉染效率。一般的轉染試劑會要求轉染時使用無血清培養基進行轉染，轉染完成后更換完全培養基。但現在有些新的轉染試劑血清的存在已不造成威脅，甚至還有助于提高轉染效率，如陽離子聚合物等。
8、抗生素：抗生素，如青霉素和鏈霉素，一般是作為培養基中的添加物來防止細胞污染。這些抗生素對于真核細胞沒有毒性，但是轉染時有些轉染試劑增加了細胞的通透性使抗生素進入細胞，可能會間接導致細胞死亡，從而降低轉染效率。可以根據轉染試劑的要求來選擇是否在培養基中添加抗生素。
質粒DNA細胞轉染注意事項
線性化還是超螺旋會影響轉染結果：超螺旋質粒的轉染效率比線性DNA高得多，特別是瞬時轉染。而線性化DNA轉染的整合幾率高。質粒太大了轉染會困難一些。畢竟，相對致密、較小的外源異物被細胞內吞的幾率要大一些。
如果你的質粒正好比較大，又沒有經驗，選擇特別注明可以轉大質粒的轉染試劑成功幾率會高一些。有的轉染試劑還會提供一些促進DNA凝聚的成分，使得DNA形成轉染復合物時更致密一些，更容易轉染一些。純化質粒的質量也會影響轉染效率，一定要選擇高質量的質粒。