影響掃描電鏡的分辨本領的主要因素有：
A. 入射電子束束斑直徑：為掃描電鏡分辨本領的極限。一般，熱陰極電子槍的最小束斑直徑可縮小到6nm，場發射電子槍可使束斑直徑小于3nm。
B. 入射電子束在樣品中的擴展效應：擴散程度取決于入射束電子能量和樣品原子序數的高低。入射束能量越高，樣品原子序數越小，則電子束作用體積越大，產生信號的區域隨電子束的擴散而增大，從而降低了分辨率.
C. 成像方式及所用的調制信號：當以二次電子為調制信號時，由于其能量低(小于50 eV)，平均自由程短（10~100 nm左右），只有在表層50～100 nm的深度范圍內的二次電子才能逸出樣品表面， 發生散射次數很有限，基本未向側向擴展，因此，二次電子像分辨率約等于束斑直徑。當以背散射電子為調制信號時，由于背散射電子能量比較高，穿透能力強，可從樣品中較深的區域逸出(約為有效作用深度的30％左右)。在此深度范圍，入射電子已有了相當寬的側向擴展，所以背散射電子像分辨率要比二次電子像低，一般在500～2000nm左右。如果以吸收電子、X射線、陰極熒光、束感生電導或電位等作為調制信號的其他操作方式，由于信號來自整個電子束散射區域，所得掃描像的分辨率都比較低，一般在l 000 nm或l0000nm以上不等。