酶制劑本身是一類蛋白質，影響蛋白質的任何因素都會影響酶制劑的活性。酶制劑的活性隨溫度的升高而增加，但當溫度高到一定程度時，又使酶變性而喪失活性。一般酶活性的最適溫度為30～45℃，超過60℃時酶會變性，喪失活性。pH對酶活性也有影響，在其他條件不變時，酶在一定的pH范圍內活性最高。一般酶活性的最適pH接近于中性(6.5～8.0)。但也有例外，如胃蛋白酶的最適pH為1.5。一碘醋酸、高鐵氰化物和重金屬離子等可與酶的必需基團結合或發生反應，從而使酶喪失活性。因此在飼料生產過程中一定要注意溫度、酸堿性、重金屬離子等因素對酶制劑的影響，以求達到酶制劑的最佳使用效果。