答：
(1) DNA模板問題（關鍵因素）
(a) 非特異PCR產物
現象：每個峰下面都有其他顏色。
原因：PCR主帶與雜帶混在一起測序。
對策：凝膠電泳回收主帶，重新測序。
(b) 非單克隆
現象：左邊清晰干凈；右邊全部雙峰，且信號強度比左邊低一倍。
原因：挑克隆時，兩個不同的菌落混在一起。
對策：重新挑單克隆，重新提取質粒。
(2) 引物問題
(a) 引物堿基問題
現象a：每個峰后面有個同樣熒光信號的小“尾巴”。
原因：合成時，引物多了一個堿基。
對策：重新合成引物。
現象b:每個峰前面有個同樣熒光信號的小“尾巴”。
原因：合成時引物多了一個堿基。
對策：重新合成引物。
現象a 現象b
(b) 引物模板不純
現象：整個峰圖噪音都比較高。（區別與小片段的干擾）
原因：引物（模板）純度太低，含有較多雜質
對策：
–建議使用HPLC（柱子純化）或PAGE 純化的測序引物。
–脫鹽純化的引物純度較低，適合做普通PCR，但不建議用來測序。
(c) 引物二聚體
現象：前面100多bp噪音高，后面正常
原因：引物二聚體未去除干凈
對策：–割膠純化
(3) 純化影響
(a) 輕微的熒光污染
現象：紅色峰異常高
原因：未知大分子熒光物質污染，恰好是紅色，被軟件誤認為紅色峰。
對策：依次更換水、緩沖液、甲酰胺、測序膠、毛細管；清洗或更換膠引導塊、針筒。
(b) 釘子峰
現象：四色并存突然拔起的尖峰，峰形銳利。
原因：毛細管內有氣泡、灰塵、尿素結晶等，對激光全反射。
對策：–灌膠時，避免氣泡產生；
–上樣前，樣品先離心；
–毛細管、檢測窗口保持清潔；
–膠內有尿素結晶時，注意不要吸進注射器；
–樣品純化干凈。
(c) 瀑布效應
現象：–基線從高處突然下降。
原因：–有機物進入毛細管，受激發產生一定波長的熒光，抬高基線。
對策：–依次更換水、緩沖液、甲酰胺、測序膠、毛細管；清洗或更換膠引導塊、針筒。
(4) 毛細管壽命與電泳
現象：寬峰-測序峰逐漸變寬。
原因：–樣品進入毛細管太多。
對策：–稀釋樣品濃度，重新進樣。
–減少電進樣(EKI)時間。