SDS:離子去污劑，0.01%即可完全抑制PCR反應，0.005%可顯著降低產量
苯酚:0.5%即可完全抑制PCR反應，0.2%可顯著降低產量
乙醇:大于1%的濃度可抑制PCR反應，但在某些體系里又能增加產量
異丙醇:抑制作用比乙醇稍強
乙酸鈉:大于5mM時抑制PCR反應
氯化鈉:大于25mM時抑制PCR反應（生理鹽水無影響）
EDTA:0.5mM可使PCR產物減少，1mM完全沒有PCR產物
血紅素（heme）-來源：血液，大于1mg/ml抑制PCR反應
氯高鐵血紅素（hemin）：大于0.1ng/μl抑制PCR反應
丹寧酸（tannic acids）：大于0.1ng/μl抑制PCR反應
肝素：大于0.15IU/ml抑制PCR反應
尿素-來源：尿，大于20mM時產生抑制
腐殖質-來源：土壤，植物材料，自然界水
植物多糖-來源：糞便，植物多糖
聚苯乙烯，聚丙烯-來源：紫外線照射塑料管
膽酸鹽-來源：糞便
膠原質-來源：組織
靛青染料-來源：粗斜紋棉布，牛仔褲
蛋白酶-來源：牛奶
鈣離子-來源：牛奶，骨頭
鐵離子-來源：血液
二甲苯胺
溴酚蘭
膽紅素（bilirubin）