微衛星DNA 是真核生物基因組重復序列中的主要組成部分，主要由串聯重復單元組成，每單元長度在1－10bp 之間，1 個SSR 的總長度可達幾十到幾百個bp。每個微衛星DNA 都由核心序列和側翼序列組成，其核心序列呈串聯重復排列。
側翼DNA 序列位于核心序列的兩端，為保守的特異單拷貝序列，能使微衛星特異地定位于染色體常染色質區的特定部位。PCR擴增后的等位微衛星可以用多種方法檢測，如熒光標記、銀染。
微衛星存在于大多數生物的基因組中，被廣泛的應用于遺傳雜交育種和繪制染色體遺傳圖譜等領域。高度多態的微衛星還可以用來在人群進行個體識別。