微衛星DNA又稱短串聯重復序列（shorttandemrepeat,STR）或簡單重復序列（simplesequencerepeats,SSR），廣泛隨機地分布于真核生物基因組中，在DNA序列中平均每6kb就可能出現一個，約占人基因組的10%，其基本構成單位（核心序列）為1-6bp，呈串聯重復排列而成。
按核心序列堿基數不同可分別稱為單二、三、四、五或六核苷酸，堿基組成分別有2(A/T，C/G），4(AC/TG，AG/TC，AT/TA，CG/GC)10，102和350種。
人類基因組中以（CA/GT)n，簡稱（CA)n重復序列最多，總共約有5×104-105個，即平均每6-60kbDNA就存在一個（CA)n，重復次數約15~16次；相應地，大鼠平均為18kb，小鼠平均為16kb，綿羊平均65kb(Crawford等，1995）。與其它DNA多態標記一樣，微衛星DNA呈孟德爾共顯性方式遺傳（Winter,1992）。