兩種方法的不同點在于檢測原理、前處理階段的復雜程度及檢測結果的表現形式。最終選擇哪種檢測方法取決于方法的便利程度、技術的可靠性與所需結果的表現形式。然而，可選擇性和靈敏度是衡量檢測方法最重要的標準。表給出了幾種生物測試法和物理化學方法在選擇性和靈敏度方面的比較。
我國自2007年1月1日開始執行《水中微囊藻毒素的測定方法》（GB/T20466—2006），標準規定了采用高效液相色譜法（HPLC）和間接競爭酶聯免疫法測定飲用水、湖泊水、河水及地表水中的微囊藻毒素。2007年7月1日開始執行的《生活飲用水標準檢驗方法——有機物指標》（GB/T 5750.8—206）中規定了采用高壓液相色譜法測定生活飲用水及其水源水中的微囊藻毒素。高壓液相色譜法介紹如下。
（1）方法原理水樣過濾后，濾液（水樣經反相硅膠柱富集萃取濃縮，藻細胞（膜樣）經凍融萃取，反相硅膠柱富集萃取濃縮后，待高壓液相色譜分析。
該方法的最低檢測質量分別為:微囊藻毒素-RR（MR-RR），6ng；微囊藻毒素-LR（MC-LR），6ng；若取5L水樣，則其最低檢測濃度均為0.06μg/L。
（2）試劑及儀器試劑主要是:ODS硅膠柱（C18固相萃取小柱）；10μg/mL的微囊藻毒素-RR和微囊藻毒素-LR（20％甲醇溶液）標樣；乙腈；甲醇；三氟乙酸及高純氮（99.999％）。儀器是高壓液相色譜儀，配二極管陣列檢測器和3D色譜工作站；ODS（5C18-MS Ⅱ4.6×250mm）；25μL微量注射器。
（3）樣品處理每個樣品取水樣5L，GF/C過濾，濾液（水樣）和藻細胞（膜樣）分別進行不同的預處理。
①水樣處理。濾液→過5gDOS柱→依次用50mL去離子水、50mL20％甲醇淋洗雜質→50mL80％甲醇洗脫→洗脫液在水浴中用氮氣流揮發至干燥，殘渣溶于10mL20％甲醇→過C18固相萃取小柱→10mL100％甲醇洗脫→洗脫液在水浴中用氮氣流揮發至干燥，列渣溶于1mL色譜純甲醇→-20℃保存，待測。
②膜樣處理。藻細胞→凍融三次→10mL5％乙酸萃取30min→以4000r/min離心10min，重復三次，合并上清液→上清液過500 mg DoSt柱→15mL100％甲醇洗脫→洗脫在水浴中用氮氣流揮發至干燥，殘渣溶于10mL20％甲醇→過C18固相萃取小柱→10m100％甲醇洗脫→洗脫液在水浴中用氮氣流揮發至干燥，殘渣溶于1mL色譜純甲醇→-20°保存，待測定。
上述5gDOS柱用50mL100％甲醇與50mL去離子水預活化；C18柱用20mL100％醇和20mL20％甲醇預活化；500 mg DOS柱用6mL100％甲醇與6mL去離子水預活化。