MCN的發病機制仍不清楚，一般認為與免疫機制有關，但其他因素亦可能參與。有人認為異常的T-淋巴細胞群所產生的循環腎小球毒性淋巴因子引起MCN。因為MCN的患者患麻疹后病情可緩解。患者易于發生鏈球菌感染，對環磷胺和糖皮質激素治療敏感。MCN可能的免疫異常見表2。
1.體液免疫患者容易感染，部分原因是由于血漿中IgG和IgA的下降。IgG的下降是由于尿中丟失IgG和CD4-淋巴細胞調節功能發生改變，導致B細胞的產生和成熟障礙所致。復發期間，血漿IgG和IgA下降IgM升高，而緩解期這些變化恢復正常MCN緩解后，IgG可持續維持低水平數年。體外研究提示MCN患者的B淋巴細胞受抗原刺激后，抗體形成障礙而且，MCN患者血液中抗鏈球菌和抗肺炎球菌抗體滴定度較其他腎小球損害腎病患者的抗體滴定度低補體激活試驗和免疫復合物在MCN的病理過程中并不起作用，但在MCN患者體內的補體因子B、D和循環免疫復合物下降，激素治療后上升，但仍低于正常人MCN容易感染與低補體血癥有關。
2.細胞免疫MCN對于普通抗原引起的皮膚遲發性變態反應性下降當病情緩解后，機體對抗原的反應恢復正常。多數的研究表明相對于緩解病例，復發期T淋巴細胞有激活現象伴有白細胞介素2受體(IL-2R)、CD69和轉鐵蛋白受體表達上升，IL-1和IL-2的產物增加本病時總的T淋巴細胞(Leu4a+/DR+)及輔助性T淋巴細胞(Leu3a+CD4)下降而抑制性T淋巴細胞(Leu2a/DR+)上升。在某些患者可以發現抑制性T淋巴細胞被過度激活。本病活動期血液及尿液中激活的淋巴細胞產物-可溶性IL-2受體濃度均上升隨著病情的緩解而恢復正常已知IL-2受體是作用于下調T淋巴細胞的增殖反應臨床觀察結果也證明在IL-2受體上調的同時，T淋巴細胞對有絲分裂原的反應下降。這說明本病時T淋巴細胞功能有缺陷在腎間質內經過復雜的細胞因子網絡所激活的T淋巴細胞使腎小球的通透性增加在對激素有反應的腎病患者體內可以發現有抑制作用的可溶性免疫抑制因子(SIRS)而對激素抵抗的腎病患者體內卻沒有發現這種因子。SIRS由CD8+細胞產生其分子量為100～150kDa，能抑制T淋巴細胞對抗原的反應和B淋巴細胞介導的免疫球蛋白的產生激素可以抑制SIRS的產生。有報道認為尿中Ⅰ型可溶性HLA抗原(sHLA-Ⅰ一種由促有絲分裂原抗原和淋巴因子刺激T和B淋巴細胞產生的物質)是預測MCN對激素治療是否有效的指標。
3.其他體液因子鑒于腎小球炎癥的組織學改變以及對淋巴瘤進行治療后蛋白尿自行消失的事實很多工作的重點放在尋找體液因子方面(表3)。人們研究了很多體液因子，如白介素、腫瘤壞死因子(TNF)和干擾素。一些報道認為MCN患者體內，這些因子的含量上升。其他的研究發現了一些新的因子，其抑制作用與疾病的活動相一致。用促有絲分裂原刺激患者的中性粒細胞能產生一種叫做血管通透因子(VPF)的物質。將這種因子注射到豚鼠的皮下，可引起毛細血管通透性增加在病情緩解期中性粒細胞產生的VPF量較少。作為腫瘤細胞產生的相關蛋白血管內皮細胞生長因子(VEGF)在體外具有促有絲分裂作用，在體內促進血管生長。在正常腎臟上皮細胞可檢測到該因子。向動物體內注射VEGF能引起蛋白尿，在發作期用促有絲分裂原刺激患者的中性粒細胞產生一種分子量為29kDa的蛋白因子，該因子能增加腎小球基底膜含硫成分的分解含硫成分如硫酸多糖肝素在腎小球基底膜含量非常豐富，從而發揮其電荷屏障作用腎小球基底膜含硫成分的分解使其陰電荷下降屏障作用減弱導致腎小球通透性發生改變而出現蛋白尿MCN緩解期，這種由中性粒細胞產生的介質并不具有活性故尚未確定這種介質是否會導致動物產生蛋白尿用MCN患者的淋巴細胞形成的T細胞雜交瘤能產生腎小球通透因子(GPF)，能直接增加腎小球基底膜的通透性將GPF注射到大鼠體內，可誘導出蛋白尿造成足突細胞的足突消失。GPF能引起上皮細胞來源的腫瘤細胞壞死，其分子量在60～160kDa，與TNF相似因此推論是腫瘤壞死樣因子。