微折細胞是由幾個利用致病 的革蘭氏陰性細菌包括志賀氏菌、鼠傷寒沙門氏菌和假結核耶爾森菌，以及感染性朊病毒，如牛海綿狀腦炎（瘋牛病），作為穿透腸上皮的方式。作為毒力因子的剝削取決于病原體與M細胞結合的能力，因此可以保證以這種方式穿透，因為M細胞可以采樣腸道內含物。EPEC（見致病性大腸埃希氏菌）含有質粒與基因EAF（大腸桿菌粘附因子）將粘附于M細胞。它們還被脊髓灰質炎病毒和呼腸孤病毒之類的病毒利用以進行傳播。CXCR4嗜性而不是CCR5嗜性HIV能夠與M細胞結合并被它們跨上皮運輸。
