2、平板接種培養
平板接種培養有混合平板培養法和涂抹平板培養法兩種方法。
⑴混合平板培養法
將無菌平板編上10－7、10－8、10－9號碼，每一號碼設置三個重復，用無菌吸管按無菌操作要求吸取1×10－9稀釋液各1mL放入編號10－9的3個平板中，同法吸取10－8稀釋液各1mL放入編號1×10－8的3個平板中，再吸取1×10－7稀釋液各1mL放入編號1×10－7的3個平板中，由低濃度向高濃度時，吸管可不必更換。然后在9個平板中分別倒入已熔化并冷卻至45～50℃的細菌培養基，輕輕轉動平板，使菌液與培養基混合均勻，冷凝后倒置，在30℃下培養。至菌落長出后即可計數。
⑵涂抹平板計數法
涂抹平板計數法與混合法基本相同，所不同的是先將培養基熔化后趁熱倒入無菌平板中，待凝固后編號，然后用無菌吸管吸取0.1mL菌液對號接種在不同稀釋度編號的瓊脂平板上，每個編號設三個重復。再用無菌刮鏟將菌液在平板上涂抹均勻，每個稀釋度用一個滅菌刮鏟，更換稀釋度時需將刮鏟灼燒滅菌。在由低濃度向高濃度涂抹時，也可以不更換刮鏟。將涂抹好的平板平放于桌上20～30min，使菌液滲透入培養基內，然后將平板倒轉，保溫培養，至菌落長出后即可計數。
（二）土壤中好氣性細菌的分離與計數
1、土壤稀釋液的制備
按“稀釋平板測數法”的相同步驟進行，按無菌操作法將土壤稀釋至10－6即可。
2、分離方法
可以用三種方法進行分離。
⑴混菌法：按“稀釋平板測數法”中的“混合平板培養法”進行，使用的稀釋度為10－4、10－4、10－6三個，各做3個重復。
⑵涂抹法：按“稀釋平板測數法”中的“涂抹平板測數法”進行，使用的稀釋度為10－3、10－4、10－5三個，各做3個重復。
以上兩法又統稱為稀釋平板分離法，可同時用于所分離菌的計數。
⑶劃線法：用滅菌接種環沾取10-1稀釋液1環于已凝固的平板上進行劃線（圖示）。劃線可按以下兩種方式進行，一種為交叉劃線法，是在平板的一邊做第一次“Z”字形劃線。轉動培養皿70°角，將接種環在火上燒過并冷卻后，通過第一次劃線部分，做第二次“Z”字形劃線。同法進行第三次、第四次劃線。另一種為邊疆劃線法，是從平板邊緣的一點開始，連續作緊密的波浪式劃線，直至平板中央。轉動培養皿180°，再從平板另一邊（不燒接種環）同樣劃線至平板中央。劃線法實質上屬于一種“由點到線”的稀釋法，較適用于含菌比較單一的材料的純化，對于土壤這類微生物高度混雜的樣品則較少使用。
以上各種分離法，都應按無菌操作進行。所用的培養基若在倒平板前，按50μg/m L 的量加入用乙醇溶解的制霉菌素或放線菌酮（起抑制霉菌的作用），效果會更好。
3、培養
將上述接種過土壤懸液的平板倒置，于28～30℃培養，至長出菌落為止（24～36h）。
4、挑菌純化
在平板上選擇分離較好的有代表性的單菌落接種斜面，同時作涂片檢查，若發現不純，應挑取此菌落做進一步劃線分離，或制成菌懸液再做稀釋分離，直至獲得純培養體。
5、計數
選取混菌法和涂抹法中每皿菌落數30～300的平板，分別按“稀釋平板測數法”中的“混合平板測數法”和“涂抹平板測數法”中的公式計數。這樣求得的是每克原始土樣中的活菌數，若要折算為每克干土的含菌數，還應將此數值除以干土在土樣中所占的質量分數(烘干土的質量/原土樣的質量)。