微生物包括細菌、病毒、真菌和少數藻類等。但有些微生物是肉眼可以看見的,像屬于真菌的蘑菇、靈芝等。
病毒是一類由核酸和蛋白質等少數幾種成分組成的“非細胞生物”,但是它的生存必須依賴于活細胞。根據存在的不同環境分為空間微生物、海洋微生物等,按照細胞結構分類分為原核微生物和真核微生物。