微生物分類的目的：把各種微生物按照它們的親緣關系分群歸類，排成系統，以便于人們對微生物進行鑒定和交流。
微生物的主要分類單位：界、門、綱、目、科、屬、種、變種、亞種（小種）、型、菌株（品系）
種是最基本的分類單位
種：親緣關系較近的微生物有機體的集合，它們在進化發育階段上有一定的共同形態和生理特征。現代分類學上規定種內菌株的DNA同源性≥70%
變種：從自然界分離到的微生物純種，如果與典型種之間存在某些特征的差別，而這些特征又是穩定遺傳的，則可將這一純種稱為典型種的變種。如枯草芽孢桿菌的黑色變種。
小種（亞種）：實驗室中獲得的微生物變異型稱為小種或亞種。
型：自然界存在的差異較小的同種微生物的不同類型，稱為型。如結核分支桿菌依其寄主的不同可分為人型、牛型和禽型。
菌株（品系）：來源不同的同種微生物的純培養，均可稱為菌株。
群：有些微生物的特征介于兩種微生物之間，我們把這兩種微生物及其中間類型統稱為一個群命名的方法：國際法規命名，即林奈所創立的雙名法。