在封閉式連續發酵系統中，運用某種方法使細胞一直保持在生物反應器內，并使其數量不斷增加。這種條件下，某些限制因素在生物反應器中發生變化，最后大部分細胞死亡。因此在這種系統中，不可能維持穩定狀態。封閉式連續發酵可以用開放式連續發酵設備加以改裝，只要使用部分菌體重新循環。另一種方法是采用間隔物或填充物置于設備內，使菌體在上面生長，發酵液流出時不帶細胞或所帶細胞極少。
透析膜連續發酵是一個新方法，它是采用一種具有微孔的有機膜將發酵設備分隔，這種膜只能通過發酵產物，而不能通過菌體細胞。這樣，將培養液連續流加到發酵設備的具有菌體的間隔中，微生物的代謝產物就通過透析膜連續不斷地從另一間隔流出。在一些發酵過程中，當發酵液中代謝產物積累到一定程度時就會抑制它的繼續積累，而采用透析膜發酵的方法可使代謝產物不斷透析出去，發酵液中留下不多，因而可以提高產物得率。