（一）細菌與原核生物界
細菌、衣原體、立克次體、螺旋體、放線菌、支原體歸屬于原核生物界。
其分類等級依次為界、門、綱、目、科、屬、種。
（二）真菌與真菌界
真菌是真核細胞型微生物，歸屬真菌界。
（三）病毒與病毒界
病毒沒有典型的細胞結構，歸屬于病毒界。
病毒的分類等級依次為科、屬、種。
