PCR技術采用體外酶促反應合成特異性DNA片段,再通過擴增產物來識別細菌。由于PCR靈敏度高,理論上可以檢出一個細菌的拷貝基因,因此在細菌的檢測中只需短時間增菌甚至不增菌,即可通過PCR進行篩選,節約了大量時間,但PCR技術也存在一些缺點:食物成分、增菌培養基成分和其他微生物DNA對Taq酶具有抑制作用,可能導致檢驗結果假陰性;操作過程要求嚴格,微量的外源性DNA進入PCR后可以引起無限放大產生假陽性結果,擴增過程中有一定的裝配誤差,會對結果產生影響。由于以上原因,PCR技術對操作者的自身素質要求很高,對于基層單位而言難以做到。短時間內也不會有經濟效益和社會效益,因此影響了這項技術在基層的應用。