標本的正確采集、運送與處理對于細菌的培養、鑒定，有著十分密切的關系。
一、標本采集
（1）送檢申請單必須惟一標識，并注樣品名稱、型號、年月、性狀、標本來源、采集時間、檢驗目的及添加物使用情況等，以便實驗室能針對該標本選用相應培養基和適宜培養環境，有利于對檢驗結果的綜合評估。
（2）為避免漏檢，確保病原體的檢出，應盡量在抗菌藥劑使用前采集標本。
（3）標本采集時應嚴格執行無菌操作，減少或避免機體正常菌群及其他雜菌污染。
（4）以棉拭子采集標本，如拭子，應插入運送培養基送檢。
（5）混有正常菌群的標本，如拭子，不可置肉湯培養基內送檢。
（6）盛標本容器須經滅菌處理，但不得使用消毒劑。
（7）實驗室應制定各種送檢標本的采集、運送、保存等正確方法和注意事項，并應向取樣者詳細介紹如何正確留取和送檢標本。
二、標本運送
標本采集后應立即送至微生物學實驗室。標本采集后在室溫下超過2h未送達實驗室者可視為不合格標本。生產線邊檢驗可提高病原菌檢出率，送檢標本必須與檢驗申請單有相同的惟一標識。
三、標本驗收
實驗室只能接收和處理合格的檢驗標本，因此應制定不合格標本拒收標準；對不合格標本應注明原因，退回，并做記錄。
四、標本處理
（1）實驗室收到標本后，應立即根據標類型及檢驗目的，選擇合適的培養基接種。
（2）混有正常菌群的標本，應作定量細菌培養。不能精確定量或常規定量操作較困難的標本，分離出致病菌及條件致病菌為優勢菌時，應作細菌鑒定及藥敏試驗，同時注明細菌量化指標。
（3）對已用抗菌藥物治療的標本，可在培養基中加入某些物質以中和藥物對細菌的抑制作用。