一、分類
細菌屬于原核細胞型微生物。
最精確的方法為遺傳學分類方法。
最常用的是經典傳統分類法：按照細菌的親緣關系，界門綱目科屬種型株分類。
科：由共同關系的屬組成，如腸桿菌科；
屬：是種的高一級分類單位，通常包含有共同特征或關系密切的種，用以描述微生物的主要特征，如埃希氏菌屬；
種：是分類等級的基本單位，同一種微生物形態、生理學特征和組成成分基本相同，用以描述微生物的次要特征，如大腸埃希氏菌；
菌株或品系：同一種微生物中不同來源的純培養物，如大腸埃希氏菌CGMCC 1.3373。
二、細菌形態學及形態學檢查法
細菌形態結構主要指細菌的大小、形狀、排列及超微結構。細菌結構與其生理功能、致病性、免疫性有關。
2.1 形態結構
2.1.1 基本形態3類：球菌、桿菌、螺旋菌，桿菌是最常見的形態。
2.1.2 大小
測量細菌大小的單位為微米μm。球菌以直徑表示大小，桿菌以長與寬表示大小，同一種細菌在不同情況下大小形態也有差別：涂片干燥、固定、染色時細菌收縮；快速生長的球菌往往呈短桿狀。
菌齡與細菌大小的關系受許多因素影響，主要與代謝廢物的積累及培養基中滲透壓上升等因素有關。
2.1.3 結構
基本結構：細胞壁、細胞膜、細胞質、核質；
特殊結構：鞭毛、菌毛、莢膜、芽孢等。
菌毛是什么？
菌毛（Pilus）許多革蘭氏陰性菌菌體表面遍布的比鞭毛更為細、短、直、硬、多的絲狀蛋白附屬器，也叫做纖毛（Fimbriae)。其化學組成是菌毛蛋白（Pilin），菌毛與運動無關。菌毛可分為普通菌毛(Commonpilus)和性菌毛(Sexpilus)兩種。普通菌毛長0.3～1.0um,直徑7nm。具有粘著細胞（紅細胞、上皮細胞）和定居各種細胞表面的能力，它與某些細菌的致病性有關。無菌毛的細菌則易被粘膜細胞的纖毛運動、腸蠕動或尿液沖洗而被排除，失去菌毛，致病力亦隨之喪失。性菌毛 有的細菌還有1～4根較長的性菌毛，比普通菌毛而粗，中空呈管狀。性菌毛由質粒攜帶的一種致育因子（Ferility factor）的基因編碼，故性菌毛又稱F菌毛。帶有性菌毛的細菌稱為F+菌或雄性菌，無性菌毛的細菌稱為F-菌或雌性菌。F+菌體內的質粒或染色體DNA可通過中空的性菌毛進入F-菌體內，這個過程稱為接合（conjugation）。細菌的毒性及耐藥性等性狀可通過此方式傳遞，這是某些腸道桿菌容易產生耐藥性的原因之一。
2.2 形態學檢查法
分為不染色標本檢查法和染色標本檢查法。
不染色標本檢查法：依靠普通顯微鏡，雖可觀察細菌大小、形態，但主要用于觀察細菌的動力。
觀察細菌有動力時，應選用新鮮的幼齡培養物（對數期），并在20℃以上室溫中進行，同時應掌握區別細菌真正運動與溶膠的布朗運動。常用的方法有壓滴法、懸滴法、暗視野映光法等。
染色標本檢驗法：分為單染色法、復染色法、特殊染色法。
觀察細菌菌毛應使用鞭毛染色法。
細菌學中最常用的鑒別染色法是革蘭氏染色法。
基本步驟為：涂片→干燥→固定→染色
革蘭氏染色的結果與培養基成分、培養條件及操作技術等有著密切關系。酒精脫色為關鍵步驟。
三、細菌生理學
3.1